Am 14.06.1940 wurde sie absichtlich von einem Russischen DB-2 Bomber auf dem Weg Tallinn-Helsinki abgeschossen um Amerikanische Diplomatenpost zu erbeuten. Die von estnischen Fischern sichergestellte Diplomatenpost wurde von einer russischen U-Bootbesatzung, die am Wrack auftauchte, bei der Durchsuchung des Bootes, sicherrgestellt und widerrechtlich beschlagnahmt. 10 Tote: FF Kapitän Bo Hermansson von Willebrand CO-Pilot Tauno Antero Launis, Henry W. Antheil Jr. (Alter 27) US-amerikanischer diplomatischer Kurier und Bruder des Komponisten George Antheil, Frédéric Marty (Alter 28) französischer diplomatischer Kurier, Paul Emile Longuet (Alter 55) französischer diplomatischer Kurier, Rudolf Cöllen (Alter 44) deutscher Geschäftsmann, Friedrich-Wilhelm Offermann (Alter 39) deutscher Geschäftsmann, Max Hettinger (Alter 42) schwedischer Bürger, Gunvor Maria Luts geb. Ek (Alter 24) in Finnland geborene estnische Bürgerin.
Am 03.06.2024 wurde nun wahrscheinlich das Wrack der Maschine in Estnischen Hoheitsgewässern entdeckt. Tauchrobotter lieferten eine Vielzahl von Bildern. Ob es wirklich die 5494 ist, ist nicht sicher, da eine weitere Ju 52, allerdings eine Luftwaffenausführung, auch in der Nähe abgestürzt ist. Es bleibt also abzuwarten ob eine genaue Zuordnung getroffen weden kann.
Absturzort: 59°47'1"N 25°01'6"E ca 10km nördlich der Insel Keri in ca 75m Tiefe